审核评估的指导思想可以概括为“一个坚持、两个突出、三个强化”。就是要在坚持“以评促建、以评促改、以评促管、评建结合、重在建设”这二十字方针基础上，突出内涵建设，突出特色发展：强化办学合理定位，强化人才培养中心地位，强化质量保障体系建设，不断提高人才培养质量。

审核评估坚持以下五项原则：一是主体性原则，强调以学校自我评估、自我检验、自我改进为主，体现学校在人才培养质量中的主体地位。二是目标性原则，强调以学校办学定位和人才培养目标为导向，关注学校目标的确定与实现。二是多样性原则，注重学校办学和人才培养的多样化，尊重学校办学自主权和自身特色。这一原则体现了国家对高等教育分类指导、分类评价的思想。四是发展性原则，强调注重学校内部质量标准和质量保障体系及其长效机制的建立，关注内涵的提升和质量的持续提高。五是实证性原则，强调依据事实作出审核判断，以数据为依据、以事实来证明。以上原则贯穿于审核评估方案的内容中，贯穿于专家组的评审过程中，也贯穿于学校的自评自建过程中。